日本共同社10月21日称，针对中国与菲律宾两国首脑围绕南海问题就搁置争议达成共识，日本政府对于此事的担忧加深，日本政府高官称“很可能造成对‘国际司法裁决’的轻视”。日本拟敦促菲律宾作为当事国尊重临时仲裁庭所谓“裁决”，挽回劣势。

报道称，由于美国即将在下月迎来总统大选，当前情况下难以发挥领导作用。中国提出向菲律宾提供巨额经济援助等，将提升地区影响力。共同社说，为在南海确立“法治”，安倍政府必将被迫重新制定战略。

日本官房长官菅义伟20日下午在记者会上强调：“南海问题是国际社会共同关心的问题。为了确保海洋的自由与和平，希望与包括菲律宾在内的国家展开合作。”

日本首相安倍晋三将与25日起访日的菲律宾总统杜特尔特会谈，考虑说服菲律宾同日本与美国加强合作才符合其国家利益。但是，鉴于有消息称菲律宾与美国关系恶化，无法预计安倍能否达到目的。

迄今为止，日本政府关于否定了中国在南海主权主张的7月仲裁结果称“用法律约束纷争当事国”，要求中国与菲律宾遵守裁决。

报道认为，正因为如此，对本次中菲首脑会谈达成的协议，日本政府内部不满情绪蔓延。日本外务省官员“气愤”地说：“基于国际法的‘裁决’不是仅靠中国和菲律宾就能搁置的。”

中菲关系“温暖如春”，却令美日等一些西方媒体感到“冰冷刺骨”。日本《产经新闻》称，对美国多次发出粗暴言论的杜特尔特在北京访问时，突然改变了一贯的粗暴态度，强调与中国“融合”的姿态。日本富士电台则援引美国马萨诸塞州工业大学高级研究员冈本行夫的话担忧地称，杜特尔特采取了接近中国的政策，那是很麻烦的事情：“南海局势会有利于中国，南海会成为中国之海。日美安全保障出现巨大漏洞”。他称，杜特尔特不久后将访问日本，日本如何安抚这个暴躁的人，使其别靠向中国，将考验日本的战略智慧。

针对日本敦促中方遵守“国际法”，接受所谓南海仲裁结果的情况，外交部发言人陆慷曾表示，所谓仲裁案结果出来后，日本表现得比任何国家都激动。中国同东盟国家一致同意南海问题尽快回到对话协商解决争议的轨道上来。中国同东盟国家专门发表了“全面有效落实《南海各方行为宣言》的联合声明”，进一步明确了双方处理南海问题的共识，即围绕南海地区存在的具体争议，应该由直接当事方通过对话和双边谈判和平解决，而本地区的稳定应由中国和东盟共同维护。